Ανάλογα με τη μορφή χρήσης και τους εκπαιδευτικούς στόχους υπάρχουν έξι βασικές κατηγορίες εκπαιδευτικού λογισμικού:
I) Εξάσκησης-εκγύμνασης(drill and practice)
II) Εκπαίδευσης-φροντιστηρίου(tutorial)
III) Λύσης προβλημάτων(problem solving)
IV) Προσομοιώσεων (simulations)-Τεχνητό περιβάλλον
V) Εκπαιδευτικών παιχνιδιών (educational computer games ή instructional games)
VI) Μοντελοποίησης (modeling)
Η εν λόγω
κατηγοριοποίηση δεν είναι σαφώς οριοθετημένη στην πράξη. Υπάρχει εκπαιδευτικό λογισμικό, σήμερα, το οποίο μπορεί να έχει στοιχεία από απλά προγράμματα εξάσκησης-εκγύμνασης μέχρι προσομοιώσεων ή εκπαίδευσης φροντιστηρίου.
΄Ενας άλλος σημαντικός διαχωρισμός του εκπαιδευτικού λογισμικού είναι αυτός που το κατατάσσει σε ανοικτό και κλειστό. Κλειστό θεωρείται το εκπαιδευτικό λογισμικό το οποίο δεν επιτρέπει στο μαθητή να εισάγει δεδομένα και η αντίδραση του συστήματος είναι προδιαγεγραμμένη. Ανοικτό, αντίθετα, θεωρείται εκείνο το οποίο σχεδιάζεται κυρίως με βάση τις σύγχρονες θεωρίες μάθησης (εποικοδομισμός, κοινωνικές και πολιτισμικές διαστάσεις της γνώσης) και επιτρέπει στο μαθητή να παρεμβαίνει και να καθορίζει ανάλογα με τις ανάγκες και τις δυνατότητές του τα προς διερεύνηση θέματα.